针对提交辞职申请期间因事请假，公司扣双倍工资是否合法，我们可以依据相关法律规定来分析。法律依据为《中华人民共和国劳动法》（2018年修正）第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”在提交辞职申请期间因事请假的场景中，员工请事假期间未提供劳动，用人单位可以不支付该期间的工资，这是合理的。但“扣双倍工资”的行为，显然属于“克扣劳动者工资”的情形。因为双倍扣除意味着不仅不支付事假当天工资，还额外扣除了员工其他正常工作日的工资，这毫无法律依据，侵犯了劳动者获得劳动报酬的权利。所以，公司在员工提交辞职申请期间因事请假而扣双倍工资，违反了上述法律规定，应属违法。
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提交辞职申请期间因事请假，公司扣双倍工资的行为，可能会给公司带来一些法律风险。1.劳动监察部门处罚风险：例如，某公司在员工提交辞职申请期间因事请假后，直接扣除了该员工当月双倍请假天数的工资。员工向劳动监察大队投诉后，劳动监察部门经调查认定公司存在克扣工资行为，依据相关规定对公司进行了罚款处罚。2.经济损失风险：假设员工月工资5000元，请了2天事假，公司扣了4天工资（即双倍）。员工通过劳动仲裁胜诉，公司不仅需要返还多扣的2天工资（约500021.75*2≈459.77元），还可能因违法克扣工资需支付赔偿金。
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在提交辞职申请期间因事请假，面对公司扣双倍工资的情况，有些操作行为是错误的，需要避免。1.不重视证据收集：有些员工可能觉得事情不大，没有及时收集劳动合同、工资条、请假记录等关键证据，导致后续维权时无法充分证明公司扣双倍工资的事实，增加了维权难度。2.采取过激行为：部分员工在得知被扣双倍工资后，可能会采取旷工、与公司发生激烈冲突等过激行为，这不仅不能解决问题，反而可能让自己陷入不利境地，甚至被公司以违反规章制度为由处罚。遇到此类问题，保持冷静并采取合法途径解决至关重要。如果您不清楚具体如何操作，建议进一步向律师进行咨询。
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在处理提交辞职申请期间因事请假公司扣双倍工资的问题时，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果。1.双方协商一致且不违反法律强制性规定：如果员工与公司在平等自愿的基础上协商一致，同意因特定事假扣除一定工资（但非双倍，且扣除后工资不低于最低工资标准），这种情况是有效的。但协商一致扣双倍工资仍因违反《劳动法》第五十条“不得克扣工资”的强制性规定而无效。2.公司有合法有效的规章制度且员工知晓：若公司的规章制度中关于请假工资扣除的规定，是经过民主程序制定（如经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），并且已向员工公示或告知，且规定内容不违反法律规定（如仅规定事假不发当天工资，而非双倍扣除），则该规章制度对员工有约束力。但如果规章制度规定扣双倍工资，即使制定程序合法，内容也因违法而无效。

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